该剧讲述情绪失联总裁摊上“神共情”格斗保镖少女的甜蜜故事。

民国4年，袁世凯意图称帝，政局动荡是年秋，吴淞镇大火，灾民数以万计，本就鱼龙混杂的吴淞镇显得更为动荡不安。因地方善款筹集，吴淞镇重修居民，却在某宅架梁时出现意外，期间爆出一具男尸，其状诡异，引得镇上流言纷起，镇民惶恐，募资请僧道做法驱邪超度，期间亦有江湖术士混事，搅得镇上一派乌烟瘴气。镇保卫团团长陆悦戎行伍出身，最是不信神鬼之说，，见此情形不由大怒，一面下令驱散僧道术士，一面差人找来镇上义庄仵工吴云根、柳归元师徒，命其验尸查明死因，以正视听。镇上落魄乡绅少爷石乐志少年游历颇广，得知此案后便赶来查看，又见陆香邑在场，欲有所表现，当下一味指点评说，言语间对吴云根、柳归元师徒颇为不屑。吴云根对此不以为意，自顾检验死者身上的绿芽，神情颇为震惊，继而借故推托似有隐情，期间语焉不详。

喧嚣吵闹的都市一隅，不起眼的角落里，经营着一家从午夜十二点到次日七点营业的小饭馆，被人称作深夜食堂。食堂的菜单仅有大锅菜、啤酒和白酒三样，当然如果客人有什么需要，老板也会专门为他们烹制。食堂的老板（黄磊 饰）不苟言笑，却用一颗温暖真诚的心对待每一位走入食堂的客人。白天，都市男女或者光鲜亮丽，或者狼狈畏缩。到了夜晚，他们便逐一卸去一天的伪装，坐在食堂的角落里，吃喝谈笑，插科打诨，吐槽着坎坷的人生和不公的命运，满身是血双目含泪却仍憧憬未知但可能美好的未来。深夜食堂，是为每一个全力而行的人们喘息疗伤的绿岛……　　本片根据日本同名日剧翻拍而成。

左浩（张子文饰）生活在繁华的大都市上海，拥有优渥的经济条件和令人羡慕的工作，然而，在光鲜亮丽的表面之下，左浩无时不刻被心中深深的沮丧和空虚所折磨。与此同时，他最好的朋友亦在一场意外中不幸去世，受到了巨大打击，左浩决定暂时放下工作，踏上寻找自我解放心灵的旅途。薇薇安（任容萱饰）是一家旅行网站的编辑，平日里的工作便是奔波在各个旅游胜地之间，撰写游记。实际上，这种居无定所随时准备上路的日子早已经令薇薇安感到疲惫不安，她的身体和心灵都渴望能找到一处可以安息的地方。命运让这一对个性迥异的男女相遇在湛蓝的大海边。